Получите доступ к содержимому массива из файла .mat, загруженного с помощью Scipy.io.loadmat – python

ОБНОВЛЕНИЕ: Это длинный вопрос, который сводится к тому, может ли кто-нибудь объяснить мне класс массива numpy? Я ответил на свой вопрос ниже.

Я работаю над проектом по импорту данных из Matlab в базу данных mysql, содержимое которой будет доступно через сайт django. Я хочу использовать Scipy.io.loadmat, чтобы получить информацию из Matlab в форму, которую я могу использовать в python, чтобы я мог вводить данные в базу данных с помощью django api.

Моя проблема в том, что я не могу работать с данными, импортированными scipy.io.loadmat. Он загружается в виде нескольких вложенных массивов, и некоторые из имен переменных, похоже, теряются.

Вот код matlab для тестовой структуры, которую я создал для пробной версии:

sensors.time = [0:1:10].'; sensors.sensor1 = {}; sensors.sensor1.source_type = 'flight'; sensors.sensor1.source_name = 'flight-2'; sensors.sensor1.channels = {}; sensors.sensor1.channels.channel1.name = '1'; sensors.sensor1.channels.channel1.local_ori = 'lateral'; sensors.sensor1.channels.channel1.vehicle_ori = 'axial'; sensors.sensor1.channels.channel1.signals = {}; sensors.sensor1.channels.channel1.signals.signal1.filtered = 'N'; sensors.sensor1.channels.channel1.signals.signal1.filtered_description = 'none'; sensors.sensor1.channels.channel1.signals.signal1.data = sin(sensors.time)+0.1*rand(11,1); >> sensors time: [11x1 double] sensor1: [1x1 struct] >> sensors.sensor1 source_type: 'flight' source_name: 'flight-2' channels: [1x1 struct] >> sensors.sensor1.channels channel1: [1x1 struct] >> sensors.sensor1.channels.channel1 name: '1' local_ori: 'lateral' vehicle_ori: 'axial' signals: [1x1 struct] >> sensors.sensor1.channels.channel1.signals signal1: [1x1 struct] >> sensors.sensor1.channels.channel1.signals.signal1 filtered: 'N' filtered_description: 'none' data: [11x1 double] 

Я могу легко визуализировать эту структуру как словарь python, поэтому, похоже, это не должно быть таким сложным упражнением.

Вот код python, который я использовал для чтения файла (в конце концов, я хочу читать в нескольких файлах):

 from scipy import os, glob path = 'C:\Users\c\Desktop\import' for f in glob.glob( os.path.join(path, '*.mat')): matfile = scipy.io.loadmat(f, struct_as_record=True) 

Это результирующий словарь из loadmat:

 >>> matfile {'sensors': array([[ ([[0], [1], [2], [3], [4], [5], [6], [7], [8], [9], [10]],[[(array([u'flight'], dtype='<U6'), array([u'flight-2'], dtype='<U8'), array([[ ([[(array([u'1'], dtype='<U1'), array([u'lateral'], dtype='<U7'), array([u'axial'], dtype='<U5'), array([[ ([[(array([u'N'], dtype='<U1'), array([u'none'], dtype='<U4'), array([[ 0.06273465],[ 0.84363597],[ 1.00035443],[ 0.22117587],[-0.68221775],[-0.87761299],[-0.24108487],[ 0.71871452],[ 1.04690773],[ 0.46512366],[-0.51651414]]))]],)]], dtype=[('signal1', '|O4')]))]],)]], dtype=[('channel1', '|O4')]))]])]], dtype=[('time', '|O4'), ('sensor1', '|O4')]), '__version__': '1.0', '__header__': 'MATLAB 5.0 MAT-file, Platform: PCWIN64, Created on: Tue Jun 07 18:38:32 2011', '__globals__': []} 

Все данные есть, но я не знаю, как получить доступ к этим объектам класса. Я хотел бы иметь возможность перебирать содержимое, чтобы я мог обрабатывать, несколько датчиков, а затем несколько каналов для каждого датчика и т. Д.

Любые объяснения, которые помогут мне упростить эту структуру данных или предлагаемые изменения, чтобы сделать это проще, будут очень признательны.


Обновление, основанное на предложении Ника, – это репрез (matfile) и dir (matfile)

 >>> repr(matfile) "{'sensors': array([[ ([[0], [1], [2], [3], [4], [5], [6], [7], [8], [9], [10]], [[(array([u'flight'], \n dtype='<U6'), array([u'flight-2'], \n dtype='<U8'), array([[ ([[(array([u'1'], \n dtype='<U1'), array([u'lateral'], \n dtype='<U7'), array([u'axial'], \n dtype='<U5'), array([[ ([[(array([u'N'], \n dtype='<U1'), array([u'none'], \n dtype='<U4'), array([[ 0.0248629 ],\n [ 0.88663486],\n [ 0.93206871],\n [ 0.22156497],\n [-0.65819207],\n [-0.95592508],\n [-0.22584908],\n [ 0.66569432],\n [ 1.06956739],\n [ 0.51103298],\n [-0.53732649]]))]], [[(array([u'Y'], \n dtype='<U1'), array([u'1. 5 Hz High Pass, 2. remove offset'], \n dtype='<U35'), array([[ 0. ],\n [ 0.84147098],\n [ 0.90929743],\n [ 0.14112001],\n [-0.7568025 ],\n [-0.95892427],\n [-0.2794155 ],\n [ 0.6569866 ],\n [ 0.98935825],\n [ 0.41211849],\n [-0.54402111]]))]])]], \n dtype=[('signal1', '|O4'), ('signal2', '|O4')]))]],)]], \n dtype=[('channel1', '|O4')]))]])]], \n dtype=[('time', '|O4'), ('sensor1', '|O4')]), '__version__': '1.0', '__header__': 'MATLAB 5.0 MAT-file, Platform: PCWIN64, Created on: Wed Jun 08 10:58:19 2011', '__globals__': []}" >>> dir(matfile) ['__class__', '__cmp__', '__contains__', '__delattr__', '__delitem__', '__doc__', '__eq__', '__format__', '__ge__', '__getattribute__', '__getitem__', '__gt__', '__hash__', '__init__', '__iter__', '__le__', '__len__', '__lt__', '__ne__', '__new__', '__reduce__', '__reduce_ex__', '__repr__', '__setattr__', '__setitem__', '__sizeof__', '__str__', '__subclasshook__', 'clear', 'copy', 'fromkeys', 'get', 'has_key', 'items', 'iteritems', 'iterkeys', 'itervalues', 'keys', 'pop', 'popitem', 'setdefault', 'update', 'values', 'viewitems', 'viewkeys', 'viewvalues'] >>> dir(matfile['sensors']) ['T', '__abs__', '__add__', '__and__', '__array__', '__array_finalize__', '__array_interface__', '__array_prepare__', '__array_priority__', '__array_struct__', '__array_wrap__', '__class__', '__contains__', '__copy__', '__deepcopy__', '__delattr__', '__delitem__', '__delslice__', '__div__', '__divmod__', '__doc__', '__eq__', '__float__', '__floordiv__', '__format__', '__ge__', '__getattribute__', '__getitem__', '__getslice__', '__gt__', '__hash__', '__hex__', '__iadd__', '__iand__', '__idiv__', '__ifloordiv__', '__ilshift__', '__imod__', '__imul__', '__index__', '__init__', '__int__', '__invert__', '__ior__', '__ipow__', '__irshift__', '__isub__', '__iter__', '__itruediv__', '__ixor__', '__le__', '__len__', '__long__', '__lshift__', '__lt__', '__mod__', '__mul__', '__ne__', '__neg__', '__new__', '__nonzero__', '__oct__', '__or__', '__pos__', '__pow__', '__radd__', '__rand__', '__rdiv__', '__rdivmod__', '__reduce__', '__reduce_ex__', '__repr__', '__rfloordiv__', '__rlshift__', '__rmod__', '__rmul__', '__ror__', '__rpow__', '__rrshift__', '__rshift__', '__rsub__', '__rtruediv__', '__rxor__', '__setattr__', '__setitem__', '__setslice__', '__setstate__', '__sizeof__', '__str__', '__sub__', '__subclasshook__', '__truediv__', '__xor__', 'all', 'any', 'argmax', 'argmin', 'argsort', 'astype', 'base', 'byteswap', 'choose', 'clip', 'compress', 'conj', 'conjugate', 'copy', 'ctypes', 'cumprod', 'cumsum', 'data', 'diagonal', 'dot', 'dtype', 'dump', 'dumps', 'fill', 'flags', 'flat', 'flatten', 'getfield', 'imag', 'item', 'itemset', 'itemsize', 'max', 'mean', 'min', 'nbytes', 'ndim', 'newbyteorder', 'nonzero', 'prod', 'ptp', 'put', 'ravel', 'real', 'repeat', 'reshape', 'resize', 'round', 'searchsorted', 'setfield', 'setflags', 'shape', 'size', 'sort', 'squeeze', 'std', 'strides', 'sum', 'swapaxes', 'take', 'tofile', 'tolist', 'tostring', 'trace', 'transpose', 'var', 'view'] 

Очевидно, мне нужно немного узнать об объектах и ​​классах. Как я могу вытащить биты массива и поместить их в переменные. Например:

 time = [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10] source_type = 'flight' etc. 

One Solution collect form web for “Получите доступ к содержимому массива из файла .mat, загруженного с помощью Scipy.io.loadmat – python”

У меня возникла аналогичная проблема с довольно сложным матовым файлом в нашей компании. Я все еще получаю свою голову, обернутую вокруг scipy модуля ввода-вывода, но вот что мы нашли.

Когда вы обращаетесь к matfile ['sensors'], он возвращает объект scipy.io.matlab.mio5_params.mat_struct, который мы можем использовать для доступа к содержимому ниже. Когда вы печатаете его, он выглядит как плоский массив, но вы все равно можете получить доступ к dict, чтобы получить отдельные компоненты. Таким образом, вы можете запустить что-то вроде этого, чтобы начать доступ к компонентам:

 from scipy.io import loadmat matfile = loadmat('myfile.mat', squeeze_me=True, struct_as_record=False) matfile['sensors'].sensor1.channels.channel1.name 

В вашем случае вы хотите иметь возможность перебирать элементы в структуре, что вы можете сделать, если вы получаете доступ к свойству _fieldnames объекта mat_struct. Оттуда вы можете просто перебрать имена полей и получить доступ к ним с помощью getattr:

 for field in matfile['sensors']._fieldnames: # getattr will return the value for the given key print getattr(matfile['sensors'], field) 

Это по крайней мере позволяет нам получить доступ к глубоко вложенным элементам без необходимости изменять наши файлы мата.

  • Фиксирование (гауссово) со Scipy против ROOT и др.
  • Научные библиотеки для Lua?
  • Как читать в списке краев, чтобы сделать скудную разреженную матрицу
  • scipy и numpy install на linux без root
  • Преобразование перспективы 3D-матрицы
  • Scary's sparse eigsh () для небольших собственных значений
  • Корневая средняя квадратная ошибка в python
  • Пейзаж водопада сюжет?
  •  
    Interesting Posts for Van-Lav

    установить выравнивание текста с расширенным текстом ctrl

    Используйте uuid.uuid4 () для создания нового файла

    Создание и маршрутизация динамической очереди сельдерея

    Как эффективно вычислять огромное умножение матрицы (функции tfidf) в Python?

    Pandas преобразует dataframe в массив кортежей

    Python: многоядерная обработка?

    Вызов staticmethod внутри инициализации контейнеров уровня класса

    Эффективный способ для массовой вставки с помощью get_or_create () в Django (SQL, Python, Django)

    Как создать случайную строку (длины X, az только) в Python?

    Синхронизация строки HTTP-User-Agent

    Как загрузить файл с S3 с помощью boto только в том случае, если удаленный файл является более новым, чем локальная?

    Есть ли эквивалент python для Laravel 4?

    python 2 вместо python 3 как (временный) python по умолчанию?

    Каков наилучший способ преобразования объекта Zope DateTime в объект datetime Python?

    В python, как я могу загрузить sqlite db полностью в память, прежде чем подключаться к нему?

    Python - лучший язык программирования в мире.