Tag: scipy

экспорт из / импорта в numpy, scipy в форматах SQLite и HDF5

Кажется, у Python есть много возможностей для взаимодействия с SQLite (sqlite3, atpy) и HDF5 (h5py, pyTables). Интересно, есть ли у кого-нибудь опыт использования этих данных вместе с массивами numpy или таблицами данных (структурированные / записываемые массивы) и какие из них наиболее легко интегрируются с «научными» модулями (numpy, scipy) для каждого формата данных (SQLite и HDF5).

Получение PyCharm для распознавания ScaPy Anaconda

Мне нужно использовать библиотеки SciPy внутри IDE PyCharm (на машине Mac OSX Lion). Сайт SciPy пишет, что самым простым способом установки для пользователей Mac является установка Anaconda (или эквивалентного дистрибутива). Я использовал установщик Anaconda, и он создал каталог anaconda в моей домашней папке, где я нашел каталог lib/python2.7/site-packages с необходимыми пакетами. Однако PyCharm не знает […]

Сглаживание данных в контурном графике с помощью Matplotlib

Я работаю над созданием контурного графика с использованием Matplotlib. У меня есть все данные в массиве, который является многомерным. Это 12 длинных около 2000 в ширину. Таким образом, это в основном список из 12 списков, длина которых составляет 2000. У меня контурный график работает нормально, но мне нужно сгладить данные. Я прочитал много примеров. К […]

как комментировать текст с текстом в matplotlib?

Я рисую тепловую карту в matplotlib, используя: plt.pcolor(rand(5,5)) как я могу аннотировать тепловую карту с фактическими числами, нанесенными на график? что означает в каждой ячейке построенной тепловой карты, поместите значение, соответствующее этой ячейке в матрице 5×5, переданной pcolor . Благодарю.

Распределение распределения, добротность посадки, значение p. Можно ли это сделать с помощью Scipy (Python)?

ВВЕДЕНИЕ: Я биоинформатик. В моем анализе, который я выполняю на всех генах человека (около 20 000), я ищу конкретный мотив короткой последовательности, чтобы проверить, сколько раз этот мотив возникает в каждом гене. Гены «записываются» в линейной последовательности в виде четырех букв (A, T, G, C). Например: CGTAGGGGGTTTAC … Это четырехбуквенный алфавит генетического кода, который похож […]

Установка распределения Вейбулла с использованием Scipy

Я пытаюсь воссоздать фикцию максимального правдоподобия, я уже могу это сделать в Matlab и R, но теперь я хочу использовать scipy. В частности, я хотел бы оценить параметры распределения Вейбулла для моего набора данных. Я пробовал это: import scipy.stats as s import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt def weib(x,n,a): return (a / n) […]

MatPlotLib: несколько наборов данных на одном и том же участке разброса

Я хочу построить несколько наборов данных на одном и том же участке разброса: cases = scatter(x[:4], y[:4], s=10, c='b', marker="s") controls = scatter(x[4:], y[4:], s=10, c='r', marker="o") show() Вышеизложенное показывает только самые последние scatter() Я также пробовал: plt = subplot(111) plt.scatter(x[:4], y[:4], s=10, c='b', marker="s") plt.scatter(x[4:], y[4:], s=10, c='r', marker="o") show()

Поиск корреляционной матрицы

У меня есть матрица, которая довольно большая (около 50 тыс. Строк), и я хочу напечатать коэффициент корреляции между каждой строкой в ​​матрице. Я написал код Python следующим образом: for i in xrange(rows): # rows are the number of rows in the matrix. for j in xrange(i, rows): r = scipy.stats.pearsonr(data[i,:], data[j,:]) print r Обратите внимание, […]

Интерполяция по нерегулярной сетке

Итак, у меня есть три массива numpy, которые хранят широту, долготу и некоторое значение свойства на сетке, то есть я имею LAT (y, x), LON (y, x) и, скажем, температуру T (y, x ), для некоторых пределов х и у. Сетка не обязательно регулярна – на самом деле, это трехполярный. Затем я хочу интерполировать эти […]

косовое нормальное распределение в scipy

Кто-нибудь знает, как построить скос нормального распределения с scipy? Я полагаю, что класс stats.norm можно использовать, но я просто не могу понять, как это сделать. Кроме того, как я могу оценить параметры, описывающие косое нормальное распределение одномерного набора данных?

 
Interesting Posts for Van-Lav

Удалить нулевые поля из ответа Django Rest Framework

pybuilder и pytest: не могут импортировать исходный код при выполнении тестов

Как установить прокси-серверы вроде этого «user: pass@6.6.6.6: 8043» в FirefoxDriver of Selenium 2?

Как удалить определенные элементы в массиве numpy

Python: как работает функция cmp_to_key functools?

Копировать диапазон столбцов папок с помощью OpenPyxl

Почему вы должны вызывать .iteritems () при итерации по словарю в python?

Метод __del__ вызывается в python, когда он не ожидается

Формула расстояния между двумя точками в списке

многомесячное среднее значение с pandas 'Series

Как получить плоскую кластеризацию, соответствующую цветным кластерам в дендрограмме, созданной scipy

Словарь python является потокобезопасным?

Python: оценка семантического сходства для строк

Python Tkinter OptionMenu добавляет команду нескольким OptionMenus

Обслуживание динамически создаваемых ZIP-архивов в Django

Python - лучший язык программирования в мире.