Дендрограмма, созданная scipy-cluster, не показывает
Я использую scipy-cluster для создания иерархической кластеризации на некоторых данных. В качестве последнего шага приложения я вызываю функцию dendrogram для построения кластеризации. Я бегу на Mac OS X Snow Leopard, используя встроенный Python 2.6.1 и этот пакет matplotlib . Программа работает нормально, но в конце значок Rocket Ship (как я понимаю, это пусковая установка для приложений GUI на питоне) появляется и исчезает немедленно, ничего не делая. Ничего не видно. Если я добавлю «raw_input» после вызова, он просто отскакивает вверх и вниз в доке навсегда. Если я запускаю простую примерную заявку для matplotlib с терминала, она работает нормально. У кого-нибудь есть опыт?
- как построить и аннотировать иерархические кластерные дендрограммы в scipy / matplotlib
- формат scipy linkage
2 Solutions collect form web for “Дендрограмма, созданная scipy-cluster, не показывает”
У меня была такая же проблема на Ubuntu 10.04. Чтобы отобразить графику с интерактивной консоли ipython, запустите ее с помощью переключателя «-pylab», который позволяет интерактивное использование matplotlib:
ipython -pylab
Чтобы отобразить вашу графику во время выполнения автономного скрипта, используйте вызов matplotlib.pyplot.show. Вот пример из главной страницы hcluster: первая и последняя строки – это значимые бит:
from matplotlib.pyplot import show from hcluster import pdist, linkage, dendrogram import numpy from numpy.random import rand X = rand(10,100) X[0:5,:] *= 2 Y = pdist(X) Z = linkage(Y) dendrogram(Z) show()
Вызов ipython с помощью переключателя «-pylab» не изменил меня. (Система: Fedora 13)
Хотя это и не идеально, моим решением было явно написать полученную фигуру в виде файла. Например:
... dendrogram(Z) pylab.savefig( "temp.png" )
Надеюсь, это поможет любому, кто сталкивается с той же проблемой.
Поправки: будьте осторожны, просто используя copy-and-paste с кратким учебником пакета hcluster, особенно в том случае, если вы вызываете pylab.savefig () после нескольких типов рисунков дендрограмм, показанных в учебнике, т.е.
distMat = # whatever distance matrix you have dendrogram( linkage( distMat ) ) pylab.savefig( "exampleDendrogram.png" ) dendrogram( linkage( distMat, method="complete" ) ) #instead of default "single" pylab.savefig( "exampleDendrogram.png" )
Тогда exampleDendrogram.png будет содержать как односвязную дендрограмму, так и дендрограмму полной связи на том же рисунке, и они, скорее всего, пересекаются и выглядят как беспорядок.
Если вы так же глупы, как и я, вы потратите 30-180 минут в замешательстве о том, как правильно использовать hcluster, когда на самом деле это просто вопрос сброса matplotlib между вызовами dendrogram:
distMat = # whatever distance matrix you have dendrogram( linkage( distMat ) ) pylab.savefig( "exampleDendrogram1.png" ) pylab.cla() dendrogram( linkage( distMat, method="complete" ) ) #instead of default "single" pylab.savefig( "exampleDendrogram2.png" )
Теперь полученные файлы изображений dendrogram будут выглядеть так, как вы ожидали, чтобы они выглядели.