Как stringfy объект матрицы swig в python
Я использую swig wrapper openbabel (написанный на C ++ и поставляющий оболочку python через swig)
Ниже я просто использую его, чтобы прочитать файл структуры молекулы и получить его свойство unitcell.
- Техника использования std :: ifstream, std :: ofstream в python через SWIG?
- Передача функций python в SWIG-код C ++
- структура каталога для проекта, который смешивает C ++ и Python
- Вызов exit () в библиотеке C ++ завершает скрипт python, который обертывает эту библиотеку с помощью swig
- setup.py: запустите build_ext перед чем-либо еще
import pybel for molecule in pybel.readfile('pdb','./test.pdb'): unitcell = molecule.unitcell print unitcell |..> |..> <openbabel.OBUnitCell; proxy of <Swig Object of type 'OpenBabel::OBUnitCell *' at 0x17b390c0> > Единица измерения имеет функцию CellMatrix (),
unitcell.GetCellMatrix() <22> <openbabel.matrix3x3; proxy of <Swig Object of type 'OpenBabel::matrix3x3 *' at 0x17b3ecf0> >
OpenBabel :: matrix3x3 выглядит примерно так:
1 2 3 4 5 6 7 8 9
Мне интересно, как распечатать содержимое матрицы3 * 3. Я пробовал __str__ и __repr__ с ним.
Любой общий способ stringfy содержимого матрицы, завернутой качанием в python?
благодаря
- swig не может найти openssl conf
- Python.h не найден с использованием swig и Anaconda Python
- Как применить карту типа SWIG для аргумента struct с двойной указателем
- Swig downcasting from Base * to Derived *
- Функция Wrapping C с аргументами указателя с использованием SWIG
2 Solutions collect form web for “Как stringfy объект матрицы swig в python”
Основываясь на этой документации openbabel, похоже, что есть хорошая причина, что привязки Python не имеют приятного способа печати matrix3x3 object . Класс matrix3x3 C ++ перегружает оператор << , который SWIG просто игнорирует:
http://openbabel.org/api/2.2.0/classOpenBabel_1_1matrix3x3.shtml
Это означает, что вам нужно будет изменить файл интерфейса SWIG (см. http://www.swig.org/Doc1.3/SWIGPlus.html#SWIGPlus_class_extension ), чтобы добавить метод __str__ в openbabel::matrix3x3 на C ++, который обертывает оператор << . Ваш метод может очень похож на
std::string __str__() { //make sure you include sstream in the SWIG interface file std::ostringstream oss(std::ostringstream::out); oss << (*this); return oss.str(); }
Я считаю, что SWIG будет правильно обрабатывать C ++ тип возвращаемого значения std::string в этом случае, но если нет, вам, возможно, придется поиграть с возвратом массива символов.
На этом этапе вы сможете перекомпилировать привязки и повторить свой код Python. Вызов str() объекта matrix3x3 должен теперь отображать то, что будет отображаться с помощью оператора << на C ++.
В дополнение к ответу от @jhoon, похоже, что SWIG не распознает тип возврата std :: string, поэтому измените функцию, чтобы возвращать const char * . Кроме того, поскольку это функция вне класса, вы не можете использовать self, но вы должны использовать переменную $ self SWIG.
Итак, в файле SWIG .i , если вы поместите следующее:
%extend OpenBabel::matrix3x3 { const char* __str__() { std::ostringstream out; out << *$self; return out.str().c_str(); } };
вы должны получить желаемый результат при вызове печати Python на матрице3×3 .
Если вы обнаружите, что добавляете это ко многим классам, рассмотрите возможность его переноса в макрос:
%define __STR__() const char* __str__() { std::ostringstream out; out << *$self; return out.str().c_str(); } %enddef
а затем добавив его в класс:
%extend OpenBabel::matrix3x3 { __STR__() };